Мачу-Пикчу расположен в 70 километрах к северо-западу от Куско, на гребне горы Мачу-Пикчу, на высоте приблизительно 2 350 метров (7 710 футов) выше уровня моря. Это - один из самых важных археологических центров в Южной Америке и наиболее посещаемая достопримечательность в Перу.

От вершины, на утесе Мачу-Пикчу, есть вертикальное «горное лицо» в 600 метров, заканчивающееся у подножья горы вдоль реки Урубамба (Urubamba). Местоположение города было военной тайной, потому что окружающего его глубокие пропасти и горы были превосходной естественной защитой для города. Мост Инков представляет собой веревочный мост через реку Урубамба в Понго де Маинике (Pongo de Mainique), предоставлял секретный вход для армии Великого Инки. У другого моста инков на западе Мачу-Пикчу, была часть, состоящая из стволов, которые перебрасывались через утес с 6-метровым (20-футовым) промежутком в нем, который мог быть соединен двумя стволами деревьев. Если деревья были удалены, то вражеская армия падала в 570 метровую (1 900 футовую) пропасть к подножью утесов, что препятствовало захвату города. Мост расположен выше долины Урубамба.

Город расположен в своеобразном седле между двумя горами, с видами, предоставляющими важные военные подходы к городу, вниз на две долины и почти непроходимую гору. В городе была разработана система водоснабжения из рек и ручьев, которые не могли быть легко заблокированы, а также в городе было выделено достаточно земли, чтобы выращивать пищу приблизительно для, в четыре раза, больше человек, чем те, что фактически жили в городе. Склоны, приводящие к городу, были устроены в виде террас, не только, чтобы обеспечить больше сельхозугодий, но и чтобы выращивать зерновые культуры, но и чтобы сделать круче наклоны, на которые должны будут подняться захватчики. Есть два высотных маршрута из Мачу-Пикчу через горы назад к Куско: один через Ворота Солнца, и другой через мост Верховного Инки. Оба могли быть легко заблокированы, если захватчики приближались к городу через них. Независимо от своей окончательной цели город находится в очень защищенном, со стратегической точки зрения, положении.